La tarea cron se crea desde el servidor, o desde el panel de control de tu cuenta de hosting. Si no estás recibiendo un correo diariamente de WHMCS, entonces es porque no has creado la tarea cron.
Además:
Configuration - General Configuration - Invoices
Tick this box to enable continuous invoice generation
es para generar facturas incluso si hay facturas pendientes, no para indicarle al sistema que genere la factura en la fecha de vencimiento.
Configuration - Automation Settings - Billing Settings
es allí donde configuras y controlas los parámetros de facturación. Te recomiendo
firmemente que leas el manual completo de WHMCS:
http://v3manual.whmcs.com
ojalá de principio a fin.
Saludos,