Creo que una solución sería crear un "grupo" para ese producto o servicio gratuito y habilitar ese modo de pago solamente para ese "grupo":
http://v3manual.whmcs.com/display.php?id=90
Y quizás hacerlo en combinación con la opción:
Hidden [] Tick to hide from order form
Aquí hay más opciones al respecto:
http://forum.whmcs.com/showthread.php?t=4922
Saludos,