elanibal, mira si te sirve:
http://islaserver.com/articulos/sist...ysqltuner.html
Si no también puedes pasarte por aquí:
http://www.vbulletin.com/forum/forumdisplay.php?f=14
Sobre los mods intenta ver cual es el que sobrecarga y mira si se soluciona con algún acelerador php, como lo es eAccelerator.
Luego también podrías intentar a optimizar Apache, aunque si usas el VPS solo para una web, te recomendaría lighttpd como webserver.
Saludos,