El software comercial "encriptado" no tiene ninguna razón para ser más seguro que uno de dominio público, más bien todo lo contrario, con la desventaja que si hay un problema dependes totalmente del fabricante.
El "encriptar" el software no da más seguridad, se hace simplemente para que no se pueda ver los fuentes, tambien lo puedes hacer sin problemas con OsCommerce por ejemplo.
En cuanto a la plataforma y la memoria, no es determinante en general, aunque concuerdo contigo que cualquier sitio de comercio electrónico es fundamental que esté virtualizado, Xen consume muchos más recursos que virtuozzo y es mas complicado de mantener, balancear y actualizar.
En un plataforma de Virtuozzo con un Container de 256/512 MB (sin overselling por supuesto)es suficiente para mayoría de los comercios en línea, no hay que olvidar que todas las tiendas no son Amazón...