¿No podrías hacer un cd live instalable? si usas Debian, con el comando "remastersys" lo tienes hecho en un momento. Luego la iso la envias al otro servidor y reinstalas el sistema. Si utilizas Suse aún es más facil pq con Suse Studio tienes un panel de control facilísimo que te hace un live cd.
A ver, la gracia es que la live es una réplica exacta de tu sistema (con todos sus archivos incluidos, si quieres, e aplicaciones instaladas)
Si googleas un poco encuentras un manual paso a paso para hacer una live cd, aunque utilices Fedora o lo que sea.