Hola, yo no usaría javascript, sino PHP, si tu servidor tiene soporte para PHP, éste código te va a servir:
Código PHP:
<?php
$random = rand(1,2); // creo el random
$array_html = array(
'images/Publicidad/adsense.php',
'images/Publicidad/mercadolibre.php'); // creo un array con el src de los dos iframes
echo '<iframe name="PublicidadMCBO" src="'.$array_html[$random].'" marginwidth="0" marginheight="0" height="90" width="728" scrolling="no" border="0" frameborder="0">'; // imprimo el iframe, con la url del src, generada aleatoriamente...
?>
Espero que te sirva, Saludos...