Tiempo de carga eterno, hasta 1 minuto! Por qué?

Hola camaradas, me he registrado porque esto parece lleno de expertos.
Tengo una página que desde hace poco tiempo está tardando eternidades en cargar, hasta 1 minuto, por lo que podreis imaginar que el daño en las visitas y popularidad es exagerado.

He cambiado hace poco a un VPS, para tener más recursos, y resulta que la web sigue igual. ¿Como es posible? ¿Que puede estar fallando para tener esos tiempos de carga cuando la RAM y la CPU parecen no estar saturadas?

La web no es pesada, no llega ni a 1 Mb.
Esto es desesperante.

 

Confirmo que parece que todo el tiempo de espera (hasta 90 segundos !! ) es del Time for First Byte.

¿Y ahora, qué chingados hago?

 

Parece que después de muchas horas he encontrado el error.
Esta linea era la que lo provocaba todo:

$locations = $ipLite->getCity($_SERVER['REMOTE_ADDR']);

 

Parece el problema persiste, y es porque la CPU está al 99% por culpa de mysql.
Quizás haya algo mal configurado, porque venia de un hosting peor donde eso no pasaba.

 

¿Qué modo hay para poder medir esas consultas o saber como son de grandes o no?
¿O saber si algo se ha quedado en bucle por algun error?

Es para una página propia, programada desde cero, donde los usuarios ademas de registrarse, escriben cuentos, la gente los valora, los comenta...es decir, la base de datos es algo primordial y con mucho movimiento, pero no debería ser tanto como para saturar el procesador ella sola